マブハイさんのサイトより
https://memohitorigoto2030.blog.jp/archives/30024537.html
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ハンタウイルスのゲノムは、米軍の生物研究所フォート・デトリックにおいて、不完全なコンピュータによるアセンブリと参照ゲノムを用いた「埋め込み」手法を用いて、ヒトの血液から構築されました
2026年5月14日：https://jonfleetwood.substack.com/p/hantavirus-genome-was-built-from
2020年の『 ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン』（NEJM）の論文に関連する補足資料（ ）およびGenBankの記録（ によると、公表されたアンデス・ハンタウイルスのゲノム配列は、悪名高い米軍の生物学研究所フォート・デトリックにおいて、人間の血液から抽出された断片的なシーケンスリードを、コンピュータによるアセンブリソフトと参照ゲノムを用いた補完処理によって構築されたものです。
本論文の資金提供に関する開示情報によると、フォート・デトリックにおけるハンタウイルスゲノム再構築の研究は、HHS/NIAID（ および ）に関連する米国政府の生物防衛および感染症対策の資金提供ルートを通じて支援されており、これにはバテル記念研究所およびラウリマ・ガバメント・ソリューションズが関与する契約も含まれています。
フォート・デトリックおよびNIAIDの2つの契約に割り当てられた潜在的な資金総額は、合わせて約3億8,750万ドルに上ります。
記録によると、米国陸軍感染症医学研究所（USAMRIID）の科学者たちは、ハンタウイルス感染者とされる患者から実際に血液サンプルを受け取り、それらのサンプルを用いてゲノム配列を決定したとされています。その配列は現在GenBankに保存されており、科学文献の至る所で引用されています。
フォート・デトリックで構築されたそのアンデス・ハンタウイルスのゲノム配列は現在、クルーズ船「MVホンディウス」で発生した2026年のハンタウイルス集団感染に関連する配列を分析・比較するための参照ゲノムとして、研究者らによって利用されています。
この関連性は、現代の集団感染の検出、ゲノムサーベイランス、そして権威主義的なパンデミック対応システムが、直接シーケンシングされた精製ウイルス分離株ではなく、軍事および生物防衛研究のパイプライン内で生成されたコンピュータによる再構築参照配列を中心に構築されつつあるのではないかという重大な疑問を提起しています。
PCR検査、集団感染の追跡、検疫政策、サーベイランスシステム、そしてワクチン開発を推進する基礎となるゲノム配列が、精製されたウイルス分離株の直接かつ途切れることのないシーケンシングではなく、コンピュータによる再構築、統計的モデリング、および参照配列による補完に大きく依存している場合、パンデミック対応の枠組み全体がますます循環的かつ自己言及的になりつつあるのかという、根本的な疑問が生じます。
そのため、このシステムは悪用される可能性を秘めています。なぜなら、参照配列、計算パイプライン、診断基準を掌握する者が、感染症の発生の検知、モデル化、公表、および対応の基盤を事実上支配することになるからです。
フォート・デトリックがヒトの血液サンプルを受け取った
『ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン』の論文の補足付録には、次のように明記されています：
「エプイェンで発生したANDVによるハンタウイルス肺症候群の集団感染において、検査で確定診断された34例のうち28例（82％）からの全血サンプルが、ゲノム解析の対象に含まれました。」
研究者らはさらに次のように記しています：
「400 µlの全血からRNAを抽出しました……」
付録には、サンプルがフォート・デトリックの軍事生物防衛システムへ物理的に移送されたことも記載されています：
「サンプルは物質移転契約（MRMC管理番号：W81XWH-18-0469）に基づき、USAMRIIDへ送付されました……」
つまり、公表されたハンタウイルスゲノムは、米軍の生物実験室のパイプライン内で取り扱われた混合ヒト全血サンプルから直接抽出された、断片化されたRNAシーケンスリードから生成されたものであるということです。
科学者たちは、ゲノムを構築する前にヒトの遺伝物質を除去したと述べている
記録によると、フォート・デトリックの科学者たちは、精製されたウイルス粒子から、完全かつ連続したハンタウイルスゲノムを直接シーケンシングしたわけではありませんでした。
その代わりに、以下のワークフローが採用されました：
・ヒトの血液から混合した遺伝物質を抽出すること、
・コンピュータ処理によってヒトの配列を除去すること、
・断片化されたシーケンシングリードを「コンティグ」と呼ばれる部分的なゲノム断片にアセンブルすること、
・そして、GenBankに既刊されている参照配列を用いて、ゲノム上の欠落部分を埋めること。
付録には、次のように明記されています：
「その後、品質チェックを経てトリミングされたリードをヒトゲノムリファレンスGRCh38にアラインメントすることで、ヒトゲノムおよびヒトトランスクリプトームのリード除去を行いました……」
つまり、フォート・デトリックの科学者たちは、血液由来のシーケンスデータからまずヒトの遺伝物質を除去した上で、残りの断片を組み立てて、最終的に公表されたアンデス・ハンタウイルスゲノムを作成したと主張しています。
しかし、元の材料は、直接シーケンシングされた精製ウイルス分離株ではなく、ヒトの血液由来のシーケンシング断片が混在したものだったため、最終的に公表されたゲノムは、何が最終的に「ハンタウイルス」の配列として認められるかを決定するために、依然として計算機による解釈、再構築の判断、および参照配列に基づく補完に依存していました。
最終的に公表されたゲノムは、単に精製されたウイルス粒子から直接「読み取られた」ものではありませんでした。
それは、フォート・デトリックのバイオインフォマティクスパイプライン内で実行された、コンピュータによる多層的なフィルタリング、再構築、統計的コンセンサス決定、および参照配列によるパッチングを経て導き出されたものでした。
公表されたゲノムは、参照配列を用いて補完されたものです
付録では、ゲノムがどのようにアセンブルされたかが説明されています：
「ANDVのコンセンサスゲノムを生成するために、クリーンアップされたリードをSPAdesを用いてデ・ノボアセンブルしました……」
しかし、シーケンシングデータからは、患者の血液サンプルから直接、完全で途切れていないゲノムを得ることはできませんでした。
その代わりに、研究者らは、ゲノムの欠落している領域を、以前に公表されたゲノム配列を用いて補完しなければならなかったことを認めています：
「不完全なコンティグの隙間や末端部分は、GenBankに登録されている近縁の完全なゲノム配列を用いて補完されました……」
つまり、最終的に公表されたハンタウイルスゲノムの一部は、直接的なシーケンスデータが欠落していたり不完全であったりする箇所について、以前の参照ゲノム配列を用いて補完されたということです。
付録にはさらに次のように記載されています：
「コンセンサス決定には、Phred品質スコアがQ20以上で、カバレッジが3倍以上の塩基のみを使用しました。」
コンセンサス・コーリングとは、フィルタリング、アラインメント、再構築の過程を経て、断片化されたシーケンスリードから「最適」なゲノム配列を生成するコンピュータ処理のことです。
もし公表されたハンタウイルスゲノムの一部が欠落しており、古い参照配列を用いて補完する必要があった場合、最終的なゲノムのうち、患者の血液から直接シーケンスされた部分はどの程度であり、コンピュータによる再構築部分はどの程度だったのでしょうか？
ゲノムの特定の領域では、半分以上が欠落していた
記録によると、再構築や参照ゲノムによる補完が行われる前の段階で、一部のゲノムアセンブリにはかなりの欠損があったことがさらに明らかになりました。
表S3によると、ある患者のLセグメントで達成されたカバレッジは、わずか「3080/6562 [46.94%]」でした。
これは、公表された配列を完成させるために追加の再構築や参照ゲノムによる補完が行われる前、そのゲノムセグメントの半分以上が欠落していたことを意味します。
他の患者のサンプルでははるかに高いカバレッジが達成され、その多くは99%に近づいていましたが、付録によれば、不完全なコンティグや欠落したゲノム領域は、アセンブリのワークフローにおいて繰り返し発生していたことが確認されています。
これは、公表されたハンタウイルスゲノムの一部が、患者の検体から直接シーケンシングされたものではなく、元のゲノムデータが欠落している箇所について、計算機を用いて再構築され、つなぎ合わされたものであることを意味します。
一部の配列の相当な部分が欠落しており、患者の検体から直接シーケンシングされたのではなく、後にコンピュータを用いた参照データによる補完によって再構築されていたことから、最終的に公表されたゲノムの精度と信頼性について重大な疑問が生じます。
PCRプライマーもヒトの遺伝物質と一致
この発見の重要性は、公表されたハンタウイルス用PCRプライマーおよび蛍光プローブが、ヒトの遺伝物質と繰り返し一致したことを示す最近のBLAST解析と併せて見ると、さらに大きくなります。
その解析によると：
「ハンタウイルスを検出するとされるPCR検査で使用されている遺伝子配列の一部は、ヒトのDNA配列とも直接一致しています。」
報告書には、ハンタウイルスPCR成分とヒトゲノム領域との間で、
・19/19の完全一致、
・20/20の完全一致、
・18/18の完全一致、
・および多数の17/17の完全一致が繰り返し確認されたことが記載されています。
「陽性」のPCRシグナルを生成する役割を担う蛍光検出プローブ自体も、ヒトDNAとの完全一致およびほぼ完全一致を繰り返し示しました。
この発見は、フォート・デトリックのワークフローを考慮すると特に重要な意味を持ちます。同ワークフローは、混合ヒト血液サンプルから始まり、ゲノムを組み立てる前にヒト遺伝物質を計算機処理によって差し引く必要があったからです。
この重複は、公表された参照ゲノム自体がヒトの血液由来のシーケンスデータの混合から再構築されたものである以上、PCRシステムが、ハンタウイルスとされる遺伝物質とヒトの遺伝物質をどれほど確実に区別できたのかという点について、明らかな疑問を投げかけています。
DARPAの文書が明らかにした、デジタルデータのみのウイルス配列に関する国防総省の枠組み
フォート・デトリックのハンタウイルス再構築ワークフローは、以下の状況下でも動作するように設計された国防総省支援のシステムについて記述した、以前に公開されたDARPAの文書とも一致しています：
「入手できるのは、電子化されたウイルス配列情報のみである可能性があります。」
DARPAの記録によると、このシステムは以下の目的で設計されています：
・デジタル化されたゲノム配列を取得し、
・感染性クローンゲノムを合成し、
・細胞系でウイルスを増殖させ、
・アップロードされた遺伝子配列を迅速にmRNA対策へと変換すること。
このプラットフォームは、物理的なウイルスが存在せず、コンピュータファイルのみが存在する場合でも機能するように設計されています。
ファイルには次のように記載されています：
「パンデミックの発生時には、ウイルスの配列情報として電子データしか入手できない可能性があることを認識しているため……」
GenBankの登録データが、ハンタウイルスゲノムのヒト血液由来であることを裏付ける
今回の集団感染に関連するGenBankの登録データは、公表されたゲノムを作成するために使用された生物学的原料を、独立した形で裏付けています。
その登録データには次のように記載されています：
/isolation_source=“whole blood”
GenBankのメタデータには、ゲノム生成に使用されたコンピュータによるアセンブリ・パイプラインも記載されています：
・Ray
・Bowtie2
・Picard
・Prinseq-lite
・Cutadapt
・イルミナ・シーケンシング
NEJMの付録およびGenBankの記録には、以下の記述がありません：
・無傷のウイルス粒子の精製、
・プラーク分離、
・シーケンシング前のウイルス培養による精製、
・あるいは精製されたウイルス粒子の直接シーケンシング。
その代わりに、記録によれば、公表されたアンデスハンタウイルスゲノムは、ヒトの遺伝物質を計算機処理で除去し、欠落しているゲノム領域を以前に公表された参照ゲノム配列を用いて補完した後、ヒトの血液から抽出された断片化されたシーケンスリードを用いて、フォート・デトリックでアセンブルされたことが示されています。
結 論
記録によると、生物防御および集団感染への対応の枠組みは、精製されたウイルス粒子を直接かつ途切れることなくシーケンシングするのではなく、断片化した混合生物試料から生成されたゲノム配列を計算機的に再構築し、参照配列をガイドとしたアセンブリ・パイプラインによって補完することを中心とする傾向が強まっています。
こうしたコンピュータによってアセンブルされたコンセンサスゲノムは、その後、以下の基盤となります：
・PCR検査、
・系統モデリング、
・感染経路のマッピング、
・基本再生産数の算出、
・感染拡大の追跡、
・検疫政策、
・サーベイランスシステム、
・およびワクチンやmRNAによる対策の開発。
言い換えれば、フィルタリングアルゴリズム、参照配列による補完、および統計的コンセンサスモデリングを通じて組み立てられた、同じコンピュータ生成のゲノム構造が、後に、アウトブレイク対応インフラ全体そのものの権威ある生物学的根拠として扱われます。
現在、その枠組みは、ホンディウス号の乗客に対して政府が課した、主流メディアによるメッセージ発信や権威主義的な検疫措置を正当化するために利用されています。
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